Bentuk tigadimensi dari kedua ligan dan sisi target dapat ditentukan dengan kristalografi
sinar-X atau metode komputasi kuantum atau mekanika molekul. Perhitungan
kuantum mekanik membutuhkan daya komputasi lebih jauh dan mekanika molekuler
adalah sumber yang lebih berguna dari struktur tiga dimensi. Apakah data
kristal yang cukup adalah yang tersedia dihasilkan komputer tiga dimensi dapat dibangun
menggunakan struktur tiga dimensi yang diperoleh dari database. Seperti
database cambridge dan bookhaven. Struktur tiga dimensi dengan metode ini dapat
ditampilkan baik sebagai tongkat atau ruang mengisi gambar pada layar komputer
(gambar dibawah ini). Namun, dalam semua kasus, akurasi struktur yang
diperoleh akan tergantung pada keakuratan data yang digunakan dalam senyawa
tersebut.
 |
|
Contoh
model tongkat dan
ruang mengisi yang ditampilkan
oleh paket grafis
|
Struktur tiga dimensi yang dihasilkan di layar
komputer dapat dimanipulasi di layar untuk menunjukkan pandangan yang berbeda
dari struktur. Selain itu, dengan program yang lebih kompleks sangat memungkin
untuk menempatkan satu struktur di atas yang lain. Dengan kata lain adalah mungkin dapat mengetahui situs target. Suatu proses
menerjemahkan dikenal sebagai docking (gambar 2.19). Hal ini memungkinkan ahli
kimia obat untuk mengevaluasi potensi obat ke situs target mereka. Selain itu, penggunaan
kode warna untuk menunjukkan sifat atom dan kelompok fungsional hadir dalam struktur
tiga dimensi juga memungkinkan ahli kimia obat untuk menyelidiki potensi pengikatan
ligan ke situs target. Namun, harus diingat bahwa dalam banyak kasus mengikat ini
harus lemah karena obat harus mampu meninggalkan situs reseptor setelah itu
baru diaktifkan (Lihat bagian 8.6.1). Jika ligan adalah cocok dan kelompok fungsional
diposisikan sehingga mereka dapat bertindak antar dengan struktur situs target yang
diusulkan, kemungkinan secara biologis aktif.
 |
|
Docking
DBS-120 ke
Fragmant DNA: (a)
Model CPK; (b)
Model Dreiding
|
Masalah
utama dalam menggunakan metode ini adalah tidak semua molekul mempunyai
struktur yang rigits akibat dari fomula molekul tradisional. Sistem cicin jenuh
dan sistem konjugasi memberi struktur molekul yang tidak memililki kerigitan
tetapi dengan adanya ikatan tunggal yang simpel memberikan hasil struktur yang
fleksibel secara bentuk dan tidak
tergantung kepada energi yang ada pada lingkungan setiap waktunya. Artinya
konformasi oleh ligan dan target tentunya tidak sama ketika ditentukan dengan
menggunakan metoda komputasi ataupun metoda sinar X kristalograpi. Namun, kimia
komputasi mempunyai aplikasi untuk analisis konformasi dan teknik nomor,
seperti metoda Monte Carlo metropolis dan Comperative Moleculer Field Analysis
(CoMFA), yang memiliki kemampuan untuk mengembangkan pengaruh dari efek
perubahan konformasi pada efektivitas prosedur docking.
