Isomer struktur merupakan isomer karena mempunyai rumus molekul yang sama tetapi struktur molekul dan sifatnya berbeda.
Ketika belajar mengenai alkana biasanya kita akan punya kemungkinan untuk menggambar dua atau lebih alkana dengan rumus molekul yang sama tetapi stuktur molekulnya berbeda.
Misalnya ada dua molekuk berbeda C4 H10, butana dan 2-metilpropana, kedua molekul ini merupakan isomer satu dengan yang lainya.
 |
| Isomer Struktur butana |
Dengan adanya isomer struktur menyebabkan para ilmuwan kimia khususnya kimia organik sering tidak menggunakan rumus molekul. Isomer struktur mempunyai sifat fisika berbeda, seperti titik didih dan titik leleh, disamping kerekatifan secara kimia.
Pada umumnya semakin bercabang struktur hidrokarbon, semakin rendah titik didihnya dibanding dengan isomer struktur lainnya.
Contoh lainya adalah pada pentana C5H12 sebagai berikut:
 |
| Isomer struktur Pentana |
Penyebab terjadinya perbedaan nilai titik didih adalah karena molekul bercabang yang kompak tidak melilit seperti rantai lurus, sehingga lebih sedikit energi yang diperlukan untuk mengubah molekul bercabang menjadi wujud gasnya.
